آیت‌الله سید علی حسینی سیستانی، مرجعیت عالی‌قدر شهادت رئیس‌جمهور و وزیر خارجه ایران و همراهان آن‌ها را تسلیت گفت.
ایشان در پیام خود نوشت:
إنا لله وإنا إليه راجعون
با نهایت تاسف و تأثر خبر وفات حجت الإسلام و المسلمين سيد إبراهيم رئيسی، رئيس جمهوری اسلامی ایران و همراهانش را در پی حادثه سقوط بالگردشان دریافت کردیم.
بدین وسیله تسلیت خود را به مناسبت این فاجعه دردناک به ملت شریف ایران و دولتش، به ویژه خانواده‌های داغدار عرض می‌کنیم و از خداوند متعال برای درگذشتگان غفران و رحمت واسعه و برای خانواده محترم‌شان صبر جمیل و اجر جزیل مسئلت داریم.
ولا حول ولا قوة إلا بالله العلي العظيم
۱۱ ذو القعدة ۱۴۴۵هـ
دفتر آيت الله العظمى سيد علی حسيني سيستانی
نجف اشرف
