متن پیام مرجع عالی‌قدر آیت‌الله‌العظمی سیستانی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
ارتحال مرجع عالی‌قدر فقیه اهل‌بیت عصمت و طهارت (علیهم‌السلام) آیت‌الله آقای حاج سید موسی شبیری زنجانی (رضوان‌الله‌علیه) ضایعه‌ای دردناک و خسارتی عظیم است.
آن بزرگوار که سراسر عمر پر برکت خود را در راه تحقیق و تعلیم سپری کردند از بزرگان علمای اعلام و اساطین حوزۀ علمیۀ مبارکۀ قم و از مصادیق برجستۀ عالم ربانی بودند.
آثار گران‌بهای علمی و دیگر خدمات دینی معظم‌له میراثی ارزنده و رفتار و منش عملی ایشان همواره الگویی ماندگار برای اهل علم خواهد ماند.
أعلی‌الله مقامه الشریف و حشره مع أجداده الطیبین الطاهرین.
اینجانب با تأثر و تأسف فراوان این مصیبت بزرگ را به آستان مقدس حضرت ولی عصر (ارواحنافداه) و به حوزه‌های علمیه و به بستگان محترم آن فقید سعید به‌ویژه آقازادگان گرامی و مکرمشان و به عموم مؤمنین تسلیت عرض نموده و از خداوند متعال برای همگان صبر جمیل و اجر جزیل مسئلت دارم.
لَا حَوْلَ وَ لَا قُوَّهَ إِلَّا بِاللَّهِ الْعَلِیِّ الْعَظِیمِ
علی حسینی سیستانی
۹ ربیع‌الثانی ۱۴۴۸ هجری
