هجرت به دیار امیرالمؤمنین علیه‌السلام
علامه جعفری پس از اقامت در تبريز، در سال 1363ه ق به اصرار آيت الله ميرزا فتاح شهيدى رهسپار نجف مىگردد.
این عالم فقید درنجف اشرف به مدرسه «صدر» وارد مىشود و بار ديگر، جلد دوم كفايه آخوند خراسانى را مطالعه و بحث میكند و در درسهاى خارج آيات عظام شيخ محمد كاظم شيرازى، آيت الله خويى، آيت الله سيد محمود شاهرودى، آيت الله حكيم ، آيت الله سيد جمال گلپايگانى، آيت الله سيد عبد الهادى شيرازى و آيت الله ميلانى شركت می‌کند.
دریافت اجتهاد از بزرگان نجف
پس از سه سال تحصيل در نجف اشرف، در سن 23 سالگى موفق به دريافت درجه اجتهاد از سوى آيت الله شيخ كاظم شيرازى مىشود و در مجموع، حدود هفده سال در نجف اقامت مىكند. در اين مدت علاوه بر تحصيل، به تدريس خارج فقه و اصول و دروس فلسفه و معارف و نگارش كتاب مشغول میشوند . سرانجام استادمحمد تقی جعفری پس از پايان تحصيلات و تكميل معلومات، عازم ايران میگردد.
خواب سرنوشت ساز علامه در نجف
یکی از شاگردان علامه جعفری نقل می‌کند: «استاد تعریف می‌کردند؛ در یکی از شبها در دوران طلبگی در نجف، با جمعی از طلاب نشسته بودیم که یکی از آقایان طلبه وارد جمع شد و گفت: می‌خواهم یک سئوالی مطرح کنم، اما همه‌تان را قسم می‌دهم که صادقانه به آن جواب بدهید. بعد از جیب عبایش یک عکس چاپ‌شده در روزنامه را درآورد و گفت: اگر شما امکان انتخاب داشته‌باشید که یا یک عمر به‌صورت «شرعی و قانونی» با این خانم زندگی کنید، یا به‌طور «مشروط و غیرقطعی و برای یک لحظه» با امیرالمؤمنین علی‌بن‌ابیطالب علیه‌السلام دیدار داشته‌باشید، کدام را انتخاب می‌کنید؟ مشخص شد که سه نفر حاضر در آن جمع انتخابشان، زندگی با آن خانم است. استاد به من گفتند: من نفر چهارم بودم. نوبت که به من رسید، یک لحظه به شکل گذرا به آن عکس نگاه کردم و بلافاصله به گوشه‌ای پرتش کردم و گفتم: والله قسم که دیدن مشروط امیرالمؤمنین علیه‌السلام برای یک لحظه را به عمری زندگی با این زن ترجیح می‌دهم. دیگر حالم منقلب شد و بلند شدم و به طرف حجره‌ام رفتم. همان‌طور که نشسته و به درِ حجره تکیه داده‌بودم، حس کردم وجودم سنگین شده و خواب دارد بر من غلبه می‌کند. در آن حال عجیب، یک‌دفعه در باز شد و فردی داخل شد؛ ازآنجاکه درِ حجره کوتاه بود، مجبور شد سرش را خم کند. سلام کردم و گفتم: شما که هستید؟ در جواب گفت: «همان کسی که می‌خواستی ببینی. من، علی‌بن‌ابیطالب علیه‌السلام هستم…» نگاه کردم. همان مشخصاتی که در تمام کتاب‌ها از مولا علیه‌السلام نقل شده‌بود را داشتند؛ قد میانه، درشت‌هیکل، تا حدی بطین (چاق)، پیشانی بلند و…»شاگرد استاد لبخندبرلب می‌گوید: «استاد می‌گفتند: یک آن به خودم آمدم و دیدم در حجره تنها هستم. حال غریبی داشتم. دوباره به سرداب و جمع طلبه‌ها برگشتم. خانم محمدعلی! من نفر چهارم بودم و وقتی برگشتم، عکس به دست نفر پنجم یا ششم رسیده‌بود. یعنی مدت زمانی که گذشته‌بود، تا این حد کوتاه بود.»
علامه جعفری می‌گفتند: «بعد از دیدار با حضرت امیرالمؤمنین علی علیه‌السلام هر کتابی را باز می‌کردم، فکر می‌کردم این‌ها را من قبلاً خوانده‌ام!»
توصیه علامه امینی به علامه جعفری درباره حضرت امیر
وقتي چاپ و انتشار شرح مثنوي مرحوم علامه محمدتقي جعفري تمام شده بود، مدتي مردد بود كه به چه كاري اشتغال علمي بورزند. علامه مطلبی كوتاه تحت عنوان «علي عليه‌السلام در آينه سخن خويش» نیز نوشته بودند كه در جلد اول شرح نهج‌البلاغه ايشان آمده است. در همين ايام كه ايشان مردد بودند چه بكنند، از شاگردان او نقل شده است:
یکی از بستگان نزدیک استاد، در خواب دید که در برابر علامه عبدالحسین امینی، صاحب «الغدیر» نشسته است. علامه امینی پرسید: آیا شما جعفری را می‌شناسید؟ گفت: آری. علامه امینی گفت: نامه‌ای می‌دهم به ایشان بدهید پرسید:اجازه دارم نامه را باز کنم و بخوانم؟ وقتی پاسخ مثبت شنید، در نامه نظر انداخت؛ دید خیلی معنوی و ملکوتی است؛ به قدری نورانی بود که حالی خاصّ پیدا کرد: علامه امینی با تأکید گفت: «این نامه را بدهید به جعفری و به ایشان بگویید: ما اکنون در این عالم برزخ دیگر نمی‌توانیم کاری بکنیم ولی شما در آن دنیا در میدان کار هستید و می‌توانید دربارة امیرالمؤمنین علیه‌السلام کار کنید».
همين توصيه‌نامه مقدمه‌اي شد براي مرحوم علامه جعفري(ره) كه به كار نوشتن شرح نهج‌البلاغه مشغول شدند.
به اين ترتيب، ترجمه و تفسير نهج البلاغه آغاز شد و تا پايان عمر استاد ادامه يافت و 27 جلد از آن منتشر شد. علامه جعفري با تمام صلاحيت هايي كه در شناخت هستي و جهان بيني‌هاي شرقي و غربي داشت، كوشيد كلام حضرت امير المؤمنين علی علیه‌السلام را به درستي بشناسد و به بهترين شكلي بشناساند.
اقدامات برجسته علامه جعفری
تا بحال بيش از هشتاد اثر از آثار استاد به طبع رسيده است و چاپ بعضي از آنان همچون شرح مثنوي در 15 جلد مكرر تجديدچاپ گرديده است، ضمناً تحت نظارت ايشان و طي 12 سال كاملترين كشف الابيات مثنوي مولوي در 4 جلد رحلي تحت عنوان «از دريا به دريا» منتشر شده است.
ازمهم ترین آثار برجسته ایشان شرح و تفسير بر نهج البلاغه مي باشد كه 27 جلد آن به زبان فارسي چاپ و منتشر شده است. ديگر اثر نفيس استاد جعفري، در زمينه بررسي و مقايسه افكار مولانا با فلسفه ها و جهان بيني هاي شرق و غرب مي باشد كه تحت عنوان مولوي و جهان بيني ها چاپ گردید.
بشر 1400 سال است در فقدان تو سرگردان است
علامه جعفری در آخرین جلد تفسیر نهج‌البلاغه‌شان با عباراتی با این مضمون نوشتند: «امیرالمؤمنین علیه‌السلام در سخنان مبارکش بارها و بارها صلاح و فساد مردم را بیان می‌فرمودند. با اینکه هیچ‌کس در خلوص او تردید نداشت و دوست و دشمن روح الهی او را درک می‌کرد و نه موافقان و نه مخالفان هیج‌وقت نتوانستند اشکالی به زمامداری ایشان بگیرند اما حکومت او را تاب نیاوردند و کافران از یک سو و جاهلان به اسم دین از سوی دیگر کاری کردند که عاقبت دست جامعه اسلامی را از دامن آن انسان بزرگ کوتاه کردند. اگر قوم بنی‌اسراییل برای کفران نعمت هدایت، 40 سال در بیابان گمراهی سرگردان بودند، نه‌فقط ما مسلمانان بلکه تمام بشریت 1400 سال است در گمراهی از دست دادن امیرالمؤمنین علیه‌السلام سرگردان هستیم و سوگند به جانم این سرگردانی، چندین برابر خواهد شد…»
پس از مرگ من درباره‌ام اغراق نکنید
استاد در اواخر زندگی، دچار بیماری سرطان ریه شد ودرسفری که عازم بیمارستان بود هنگام خداحافظی با خانواده گفت:«این سفر بدون بازگشت است پس از مرگ من درباره من اغراق نکنید و حال که به عمر خودنگاه می‌کنم، می‌بینم که چقدر سریع گذشت».
