هیئت اعزامی از حوزهٔ علمیهٔ قم، از سطح علمی و نظم برگزارى همایش بین‌المللی ویژهٔ بزرگداشت میرزا شیخ محمدحسن نائینی تمجید کرد و تأکید نمود که برگزاری این همایش در نجف اشرف نشان‌دهندهٔ اهتمام حوزه‌های علمیه به احیای میراث بزرگ عالمان و مصلحان است.
مدیر حوزه‌های علمیهٔ قم، حجت‌الاسلام والمسلمین شیخ علیرضا اعرافی، در گفت‌وگو با مرکز خبری اظهار داشت:
«شخصیت میرزا نائینی همچنان یکی از ارکان اساسی در متون و برنامه‌های آموزشی حوزه است و دیدگاه‌های فکری و اصلاحی او منبعی مهم برای مواجهه با چالش‌های عصر حاضر به شمار می‌رود.»
او همچنین از تلاش‌هایی که آستان مقدس علوی و آستان مقدس حسینی برای آماده‌سازی و موفقیت این همایش انجام داده‌اند، قدردانی کرد.
همچنین حجت‌الاسلام شیخ جعفر نائینی، نوهٔ علامه نائینی، از مرجعیت عالی‌قدر در نجف اشرف و آستان مقدس علوی تشکر کرد و بیان نمود که حضور شخصیت‌های علمی در چنین همایشی، به تقویت ارتباط میان حوزه‌ها و احیای میراث علمی علامه نائینی کمک می‌کند.
هیئت شرکت‌کننده تأکید کرد که حضور در این همایش فرصتی ارزشمند برای ارتباط علمی و تبادل دیدگاه‌ها میان حوزهٔ علمیهٔ نجف و حوزهٔ علمیهٔ قم فراهم کرده و این امر به تثبیت مسیر عالمان و برجسته‌سازی نقش آنان در حرکت فکری اسلام کمک می‌کند.
