شاه اسماعیل صفوی دستور ساخت صندوق‌هایی برای ضریح ائمه علیهم‌السلام در نجف اشرف، کاظمین و سامرا، به جای صندوق‌های قدیمی را داد. در سال ۱۱۲۶ هجری در دوران «حسن پاشا» والی بغداد صندوق علوی تجدید و نوسازی شد و تاریخ آن به «شیری (اسد) که بیشه‌اش را از نو ساختند» باز می‌‌گردد و این کار به دست «شیخ جواد بن حاج عبدالرضا البغدادی» انجام شد که تا سال ۱۱۲۸ هجری در قید حیات بود.
صندوق خاتم کاری حضرت واقعا تحفه‌ای بی‌نظیر بود. روی آن نوشته‌هایی به خطوط مختلف عربی کنده‌کاری و صندوق از چوب ساج هندی ساخته شده بود که در آن صدف، عاج، آبنوس و انواع دیگری از چوب‌های رنگی کار شده بود.
روی صندوق سوره «هل أتی» نوشته شده بود که دارای سی و یک آیه است. این سوره روی صندوق و در سمت جنوبی آن حک شده بود و در نگارش سوره تماما از عاج سفید منبت با طلا و نقره استفاده شده بود.
در همین سمت چهار لیست وجود داشت که روی لیست اول ادامه سوره «هل أتی» نوشته شده بود و در لیست دوم سوره «سبح باسم ربک الاعلی» و روی درب «الاصبعتین» (دو انگشت) آیه کریمه «ان الذین یبایعونک انما الله، یدالله فوق أیدیهم» نوشته شده بود.
اما در جهت شرقی صدوق، در قسمت بالا سوره «نبأ» و در قسمت پایین سوره «عادیات» نوشته شده بود.
در جهت شمالی که رو به روی جهت جنوبی قرار دارد چهار لیست وجود داشت که روی همه آنها سوره «ملک» و در سمت سر مبارک حضرت، از سمت بالا خطبه پیامبر صلوات الله علیه معروف به خطبه «وداع» در روز «غدیر خم» و در پایین آن، حدیث شریف «یا علی، تو برادر من هستی» نوشته شده بود و در گوشه چهارم، از سمت غرب صندوق، نام نجار و هنرمند کار با این عنوان نوشته بود: «مشرف و موفق شد، به اتمام این صندوق ارزشمند، خالصانه در راه خدا و مخلصانه برای ولی و اولیاء خدا، سگ درگاه امیرالمؤمنین علی بن ابی طالب علیه‌السلام، محمد جعفر بن صادق الزند که خداوند او را همچنان مدد فرمایید، در سال ۱۲۰۲ هجری» و در انتهای آن «کار بنده خاکسار محمد حسین نجار شیرازی» آمده بود.
این نوشته در سمت سر مبارک حضرت به چشم می‌خورد. اما روی صندوق، این عبارت نوشته بود: «محمد بن علاء الدین محمد الحسینی در سال ۱۱۹۸ هجری آن را نوشت».
شیخ «محمد الکوفی» ذکر می‌کند: «تاریخ حک شده روی صندوق سال ۱۲۰۳ هجری است» و گفت: «در این سال صندوق روی مزار امیرالمؤمنین علی علیه‌السلام تجدید شد و شیخ محمد کبه آن را در سال ۱۲۰۴ روی مزار گذاشت و نصب کرد.»
این تاریخ‌ها بیانگر تاریخ تجدید، نوسازی و اضافات هنری صورت گرفته روی صندوق است و نشان می‌دهد، چه تغییراتی روی صندوق مطهر حضرت انجام شده است و نوشته‌هایی که صندوق را آراستند، نوشته‌هایی درخشان، روی زمینه‌ای پر نقش و نگار و به خط کوفی بودند.
استاد «علی خاقانی» ذکر می‌کند که «هنگام برداشتن صندوق نقره‌ای و گذاشتن صندوق کنونی، صندوق خاتم(کاری شده) را دیدم و مستقیما آن را لمس کردم، مبالغه نیست، اگر بگویم، کسی که این صندوق را ببیند، آنقدر آن را گرانقیمت و ارزشمند می‌یابد که دیگر آرزوی دیدن هیچ چیز تحفه و گران‌بهایی را بعد از آن نمی‌کند.
طول صندوق حدود شانزده فوت و سه سانت، عرض آن ده فوت و سه سانت و ارتفاع آن شش فوت و سه سانت عنوان شده است.»
صندوق خاتم با لایه‌ای از شیشه ضخیم پوشانده شده است تا هم برای بازدیدکنندگان قابل مشاهده باشد و هم از آن به خوبی محافظت شود و این زیبایی و شکوه و جلال آن را دو چندان کرده بود.
به نظر می‌رسد این صندوق، جایگزین صندوقی شد که وزیر حسن پاشا، والی بصره دستور نوسازی آن را در سال ۱۱۲۶ داده بود.
«شیخ جعفر محبوبه» ذکر می‌کند که «ناصرالدین شاه قاجار در سال ۱۲۸۷ هجری، صندوق جدیدی را روی صندوق نادر شاه نصب کرد.» منابع ذکر می‌کنند که حفاظ شیشه‌ای صندوق خاتم در سال ۱۳۶۱ هجری نصب شد و شعرای نجف توصیف دقیقی متناسب با واقعیت هنری و ارزشمند این صندوق ارائه دادند.
